Detection of the MicroRNA expression profile in skeletal muscles of burn trauma at the early stage in rats [Ulus Travma Acil Cerrahi Derg]
Ulus Travma Acil Cerrahi Derg. 2015; 21(4): 241-247 | DOI: 10.5505/tjtes.2015.80707  

Detection of the MicroRNA expression profile in skeletal muscles of burn trauma at the early stage in rats

Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake, Duan Hongjie
Department Of Burn And Plastic Surgery, First Hospital Affiliated To General Hospital Of Pla, Beijing, China

BACKGROUND: Severe burn injuries are associated with a persistent hypermetabolic response, which causes long-term loss of muscle mass that results in a clinical negative balance of nitrogen and muscle wasting. MicroRNAs (miRNAs) play a critical role in post-transcriptional regulation of gene expression, which negatively regulates gene expression by promoting degradation of target mRNAs or inhibiting their translation. However, the mechanisms of skeletal muscle wasting after severe burn involved in miRNAs still remain unclear.
METHODS: In this study, the alterations of miRNAs expression profile in skeletal muscles of thermal rats were detected at an early stage by microarray. All data were presented as mean±SD. Statistical analysis was determined by independent Student’s t-test and one-way ANOVA. The significance was all set at p<0.05, and fold change cut-off was 2.0 for microarray. Significant differentially expressed miRNAs were identified through Volcano Plot filtering. Hierarchical clustering was performed using MEV software (v4.6, TIGR).
RESULTS: Thousands of miRNAs could be examined in normal and injured tissues, but only 69 of these were significantly upregulated or down-regulated, which could be used to discriminate skeletal muscles of thermal rats from matched tissues.
CONCLUSION: The deregulated miRNAs probably play a potential role in the pathogenesis of skeletal muscle wasting in burn trauma.

Keywords: Burn, microRNA; muscle wasting; profile.


Sıçanlarda yanık travmalı iskelet kaslarında erken evrede mikro-RNA ekspresyon profili

Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake, Duan Hongjie
Yanık Ve Plastik Cerrahi Bölümü, Pla Genel Hizmet Hastanesiyle Bağlantılı İlk Hastane, Beijing, Çin

AMAÇ: Ciddi yanık travmaları kalıcı hipermetabolik yanıtla ilişkili olup kas kütlesinin uzun süreli kaybına nitrojen ile kas kaybı arasında klinik negatif dengenin bozulmasına yol açmaktradır. MikroRNA’lar (miRNA’lar) hedef mRNA’ların degradasyonunu teşvik ederek veya çevrimlerini engelleyerek gen ekspresyonunu negatif yönde post-transkripisyonel regülasyonunda kritik bir rol oynamaktadır. Ciddi yanık travmasından sonra miRNA’ların katıldığı iskelet kası kaybının mekanizmaları hâlâ anlaşılmış değildir.
GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada mikrodizilim yöntemi kullanılarak erken evrede sıcağa maruz bırakılmış sıçanların iskelet kaslarındaki miRNA’ların ekspresyonlarındaki değişiklikler saptandı. Tüm veriler ortalama±standart sapma olarak sunuldu. İstatistiksel analizlerde bağımsız Student t-testi ve tek-yönlü ANOVA testi kullanıldı. Anlamlılık düzeyi olarak p<0.05 ve mikrodizilim yönteminde değişiklik katlarının kestirim değeri olarak 2.0 belirlendi. Eksprese edilen ve önemli farklılıklar gösteren miRNA’lar Volcano Grafik filreleme yöntemiyle belirlendi. MEV yazılım sistemi (v4.6, TIGR) kullanılarak hiyerarşik küme analizi gerçekleştirildi.
BULGULAR: Normal ve yaralanmış dokularda binlerce miRNA incelenebilmesine karşın bunların yalnızca 69’unda önemli derecede up-regülasyon veya down-regülasyona uğramıştı. Bu yöntem ısıya maruz bırakılmış sıçanların eşleştirilmiş iskelet kası dokularının ayrımında kullanılabilir.
TARTIŞMA: Yanık travmasından sonra iskelet kası kaybının patogenezinde miRNA’ların disregülasyonu potansiyel bir rol oynamaktadır.

Anahtar Kelimeler: Kas kaybı, mikroRNA; profil; yanık.


Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake, Duan Hongjie. Detection of the MicroRNA expression profile in skeletal muscles of burn trauma at the early stage in rats. Ulus Travma Acil Cerrahi Derg. 2015; 21(4): 241-247

Corresponding Author: Chai Jiake, China


TOOLS
Full Text PDF
Print
Download citation
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
Share with email
Share
Send email to author

Similar articles
PubMed
Google Scholar


LookUs & OnlineMakale