Expression signatures of lncRNAs in skeletal muscles at the early flow phase revealed by microarray in burned rats

BACKGROUND: Severe thermal trauma covering more than 30% of the total body surface area (TBSA) triggers a sustained pathophysiological response, which includes, but is not limited to, hypermetabolism, chronic inflammation, and severe skeletal muscle wasting. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are an important class of pervasive genes involved in a variety of biological functions. However, the functions of lncRNAs in the regulation of responses of skeletal muscle wasting after severe burn have remained untested.
METHODS: Presently examined were the expression profiles of lncRNAs and messenger RNAs (mRNAs) in skeletal muscle tissues of 3 pairs of burned rats at the early flow phase, compared with sham rats, using microarray. Each potential lncRNA-mRNA pair identified is a strong candidate in the definitive confirmation of the presence of specific lncRNA-mRNA interactions, thus providing a detailed picture of the pathogenesis of skeletal muscle wasting in burned rats.
RESULTS: LncRNA expression levels were compared among 3 injured tissues and matched normal tissues from microarray data. An average of 117 significantly differentially expressed lncRNAs (1.5-fold) were identified. Only 202 mRNAs were significantly upregulated or downregulated, an average of 92 mRNAs were upregulated in injured, compared to matched normal, tissues, while an average of 110 mRNAs) were downregulated.
CONCLUSION: Presently identified were lncRNAs differentially expressed in skeletal muscles of burned rats, compared to normal tissues. Regulatory pathways may be involved in the pathogenesis of skeletal muscle wasting. Each lncRNA-mRNA pair identified is a strong candidate for a future study to definitively confirm the presence of specific lncRNA-mRNA interactions, thus providing a more detailed picture of the pathogenesis of skeletal muscle wasting in burned rats.

Yanýk sýçanlarda mikrodizi analiziyle ortaya çýkartýldýðý gibi erken akýþ fazýnda iskelet kaslarýndaki IncRNA’larýn ekspresyon imzalarý

AMAÇ: Tüm vücut yüzeyinin (TVY) %30’dan fazlasýný kaplayan aðýr termal travma hipermetabolizma, kronik enflamasyon ve iskelet kaslarýnda güçsüzleþmeyi içermekle birlikte bu bulgularla sýnýrlý olmayan süregelen bir fizyopatolojik yanýtý da tetiklemektedir. Uzun zincirli proteini kodlamayan RNA’lar (lncRNA’lar) çeþitli biyolojik fonksiyonlara katýlan, önemli ve yaygýn bgenler sýnýfýdýr. Ancak aðýr yanýklardan sonra iskelet kaslarýnýn zayýflamasýna iliþkin yanýtlarý düzenleyen RNA’larýn fonksiyonlarý hâlâ test edilmemiþtir.
GEREÇ VE YÖNTEM: Burada mikrodizi analizi kullanýlarak, plasebo sýçanlarla karþýlaþtýrmalý olarak erken akýþ fazýnda üç çift yanýk sýçanýn iskelet kasý dokularýndaki IncRNA’lar ve haberci RNA’larýn (miRNA’lar) ekspresyon profilleri incelendi. Tanýmlanmýþ her bir potansiyel lncRNA-mRNA çifti spesifik lncRNA-mRNA etkileþimlerin varlýðýnýn kesin olarak doðrulanmasýnda kullanýlan ve yanýk sýçanlarda iskelet kasý zayýflamasýnýn ayrýntýlý bir patogenezini gösteren güçlü bir aday belirteçtir.
BULGULAR: Üç yaralý dokuyla eþleþtirilmiþ üç normal doku örneðinde mikrodizi analiz verileri kullanýlarak LncRNA ekspresyon düzeyleri karþýlaþtýrýldý. Ortalama 117 adet anlamlý derecede farklýlaþmýþ IncRNA (1.5 katý) tanýmlandý. Yalnýzca 202 adet miRNA anlamlý derecede arttý veya azaldý. Eþleþtirilmiþ normal dokulara göre zedelenmiþ dokularda ortalama 92 adet miRNA’nýn düzeyleri artarken, ortalama 110 miRNA’nýn düzeyleri azaldý.
TARTIÞMA: Burada, normal dokulara göre sýçanlarýn yanýk dokularýnda IncRNA’larýn farklý düzeylerde eksprese edildiði saptanmýþtýr. Ýskelet kaslarý zayýflamasýnýn patogenezinde düzenleyici yolaklar da rol oynayabilmektedir. Tanýmlanmþ her bir lncRNA-mRNA çifti spesifik IncRNA-miRNAA etkileþimlerinin varlýðýnýn doðrulanmasýnda kullanýlan ve yanýk sýçanlarda iskelet kasý zayýflamasýnýn ayrýntýlý bir patogenezini gösteren güçlü bir aday belirteçtir.