Expression signatures of lncRNAs in skeletal muscles at the early flow phase revealed by microarray in burned rats [Ulus Travma Acil Cerrahi Derg]
Ulus Travma Acil Cerrahi Derg. 2016; 22(3): 224-232 | DOI: 10.5505/tjtes.2015.04831  

Expression signatures of lncRNAs in skeletal muscles at the early flow phase revealed by microarray in burned rats

Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake
Department Of Burn And Plastic Surgery,first Hospital Affiliated To General Hospital Of Pla,beijing,china

BACKGROUND: Severe thermal trauma covering more than 30% of the total body surface area (TBSA) triggers a sustained pathophysiological response, which includes, but is not limited to, hypermetabolism, chronic inflammation, and severe skeletal muscle wasting. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are an important class of pervasive genes involved in a variety of biological functions. However, the functions of lncRNAs in the regulation of responses of skeletal muscle wasting after severe burn have remained untested.
METHODS: Presently examined were the expression profiles of lncRNAs and messenger RNAs (mRNAs) in skeletal muscle tissues of 3 pairs of burned rats at the early flow phase, compared with sham rats, using microarray. Each potential lncRNA-mRNA pair identified is a strong candidate in the definitive confirmation of the presence of specific lncRNA-mRNA interactions, thus providing a detailed picture of the pathogenesis of skeletal muscle wasting in burned rats.
RESULTS: LncRNA expression levels were compared among 3 injured tissues and matched normal tissues from microarray data. An average of 117 significantly differentially expressed lncRNAs (1.5-fold) were identified. Only 202 mRNAs were significantly upregulated or downregulated, an average of 92 mRNAs were upregulated in injured, compared to matched normal, tissues, while an average of 110 mRNAs) were downregulated.
CONCLUSION: Presently identified were lncRNAs differentially expressed in skeletal muscles of burned rats, compared to normal tissues. Regulatory pathways may be involved in the pathogenesis of skeletal muscle wasting. Each lncRNA-mRNA pair identified is a strong candidate for a future study to definitively confirm the presence of specific lncRNA-mRNA interactions, thus providing a more detailed picture of the pathogenesis of skeletal muscle wasting in burned rats.

Keywords: Burn, expression, LncRNAs, microarray; muscle wasting.


Yanık sıçanlarda mikrodizi analiziyle ortaya çıkartıldığı gibi erken akış fazında iskelet kaslarındaki IncRNA’ların ekspresyon imzaları

Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake
PLA Genel Hastanesi, Yanık ve Plastik Cerrahi Kliniği, Pekin, Çin

AMAÇ: Tüm vücut yüzeyinin (TVY) %30’dan fazlasını kaplayan ağır termal travma hipermetabolizma, kronik enflamasyon ve iskelet kaslarında güçsüzleşmeyi içermekle birlikte bu bulgularla sınırlı olmayan süregelen bir fizyopatolojik yanıtı da tetiklemektedir. Uzun zincirli proteini kodlamayan RNA’lar (lncRNA’lar) çeşitli biyolojik fonksiyonlara katılan, önemli ve yaygın bgenler sınıfıdır. Ancak ağır yanıklardan sonra iskelet kaslarının zayıflamasına ilişkin yanıtları düzenleyen RNA’ların fonksiyonları hâlâ test edilmemiştir.
GEREÇ VE YÖNTEM: Burada mikrodizi analizi kullanılarak, plasebo sıçanlarla karşılaştırmalı olarak erken akış fazında üç çift yanık sıçanın iskelet kası dokularındaki IncRNA’lar ve haberci RNA’ların (miRNA’lar) ekspresyon profilleri incelendi. Tanımlanmış her bir potansiyel lncRNA-mRNA çifti spesifik lncRNA-mRNA etkileşimlerin varlığının kesin olarak doğrulanmasında kullanılan ve yanık sıçanlarda iskelet kası zayıflamasının ayrıntılı bir patogenezini gösteren güçlü bir aday belirteçtir.
BULGULAR: Üç yaralı dokuyla eşleştirilmiş üç normal doku örneğinde mikrodizi analiz verileri kullanılarak LncRNA ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı. Ortalama 117 adet anlamlı derecede farklılaşmış IncRNA (1.5 katı) tanımlandı. Yalnızca 202 adet miRNA anlamlı derecede arttı veya azaldı. Eşleştirilmiş normal dokulara göre zedelenmiş dokularda ortalama 92 adet miRNA’nın düzeyleri artarken, ortalama 110 miRNA’nın düzeyleri azaldı.
TARTIŞMA: Burada, normal dokulara göre sıçanların yanık dokularında IncRNA’ların farklı düzeylerde eksprese edildiği saptanmıştır. İskelet kasları zayıflamasının patogenezinde düzenleyici yolaklar da rol oynayabilmektedir. Tanımlanmş her bir lncRNA-mRNA çifti spesifik IncRNA-miRNAA etkileşimlerinin varlığının doğrulanmasında kullanılan ve yanık sıçanlarda iskelet kası zayıflamasının ayrıntılı bir patogenezini gösteren güçlü bir aday belirteçtir.

Anahtar Kelimeler: Ekspresyon, kas zayıflaması, LncRNA’lar, mikrodizi; yanık.


Zhang Haijun, Yu Yonghui, Chai Jiake. Expression signatures of lncRNAs in skeletal muscles at the early flow phase revealed by microarray in burned rats. Ulus Travma Acil Cerrahi Derg. 2016; 22(3): 224-232

Corresponding Author: Chai Jiake, China


TOOLS
Full Text PDF
Print
Download citation
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
Share with email
Share
Send email to author

Similar articles
PubMed
Google Scholar


LookUs & OnlineMakale